STAT Cluster 使用說明

1. 系統環境: Linux Fedora Core 2 (Kernel 2.6.5)
2. 硬體環境:
   • Server: CPU Pentium 3.4 GHz RAM 4GB HD 140GB
   • Computing node: CPU Pentium 3.4 GHz RAM 4GB HD 80GB
   • Number of computing nodes: 32
3. Server IP Address: 140.109.72.224
4. 登入帳號: 需預先向資訊室申請
5. 連線方式: Exceed or Putty
   
   • Exceed: Query模式, 設定IP Address: 140.109.72.224, 選擇node00 (請向資訊室取得光碟安裝)
   • Putty: 請至其網頁下載安裝
6. 檔案上傳及下載方式: Windows網芳, Secure File Transfer Client
   
   • Windows網芳: [開始]-->[執行]後, 於小視窗的[開啟]欄位輸入\\140.109.72.224, 按確定, 之後會出現一個對話框, 於對話框內輸入CLUSTER\使用者名稱及密碼, 即可進入個人的資料夾.
   • Secure File Transfer Client: 使用過程類似一般ftp軟體, 請至其網頁下載安裝
7. 程式語言Compiler: f77, gcc, cc, c++, pgf77, pgf90, pgcc, pgCC, mpif77, mpif90, mpicc, mpicxx
8. 軟體: R, Maple and Matlab
9. Distributive Processing處理原則:當user submit job以後, 系統會由32個computing nodes中, 自動選擇一個free的computing node, dedicated to user's job. 如果目前沒有free的computing node, user's job將會排隊等候!
10. shell file編輯方式僅限於以下方法:
    1. copy form test.sh
    2. vi in the server
    3. text editor in the server
11. Distributive Processing使用程序:
    1. Example for Frotran programs:
       • 將Fortran程式Compile成執行檔(如testpgm, 檔名可自取), 指令如后:
         pgf77 -o testpgm testpgm.f (for Fortran 77 program)
         pgf90 -o testpgm testpgm.f90 (for Fortran 90 program)
       • 如果要 link nag library 則需執行以步驟:
         pgf77 -o testpgm testpgm.f -lnag (for Fortran 77 program)
         pgf90 -o testpgm testpgm.f90 -lnag (for Fortran 90 program)
       • 如果要 link imsl library 則需執行以步驟:
         . /usr/local/vni/CTT4.0/ctt/bin/cttsetup.sh
         $FC $FFLAGS –o testpgm testpgm.f $LINK_FNL_STATIC (for Fortran 77 program)
         $F90 $F90FLAGS –o testpgm testpgm.f90 $LINK_F90_STATIC (for Fortran 90 program)
       • 編輯一個shell file (如test.sh, 檔名可自取), 內容如后:
         #!/bin/sh
         #PBS -l walltime=9999:00:00
         cd $PBS_O_WORKDIR
         ./testpgm
       • Submit Job, 指令如后:
         qsub -l nodes=1 test.sh
         執行後, 螢幕會立即顯示訊息 XXX.node00.cluster (XXX 為Job number ID)
       • 程式執行完畢後, Screen Output 會存成 test.sh.oXXX (XXX 為Job number ID), 存放於目前的目錄
    2. Example for MPI C programs:
       • 將C程式Compile成執行檔(如testpgm, 檔名可自取), 指令如后:
         mpicc -o testpgm testpgm.c (for C program)
         mpicxx -o testpgm testpgm.c (for C++ program)
       • 請於Server上編輯一個shell file (如test.sh, 檔名可自取), 內容如后:
         #!/bin/sh
         #PBS -l walltime=9999:00:00
         cd $PBS_O_WORKDIR
         /opt/mpich/bin/mpirun -np n testpgm
       • Submit Job, 指令如后:
         qsub -l nodes=n test.sh
         執行後, 螢幕會立即顯示訊息 XXX.node00.cluster (XXX 為Job number ID)
       • 程式執行完畢後, Screen Output 會存成 test.sh.oXXX (XXX 為Job number ID), 存放於目前的目錄
    3. Example for MPI Fortran programs:
       • 將Fortran程式Compile成執行檔(如testpgm, 檔名可自取), 指令如后:
         mpif77 -o testpgm testpgm.f (for Fortran77 program)
         mpif90 -o testpgm testpgm.f (for Fortran90 program)
       • 請於Server上編輯一個shell file (如test.sh, 檔名可自取), 內容如后:
         #!/bin/sh
         #PBS -l walltime=9999:00:00
         cd $PBS_O_WORKDIR
         /opt/mpich/bin/mpirun -np n testpgm
       • Submit Job, 指令如后:
         qsub -l nodes=n test.sh
         執行後, 螢幕會立即顯示訊息 XXX.node00.cluster (XXX 為Job number ID)
       • 程式執行完畢後, Screen Output 會存成 test.sh.oXXX (XXX 為Job number ID), 存放於目前的目錄
    4. Example for R batch job:
       • 編輯R的Batch檔(如test.R, 檔名可自取)
       • 請於Server上編輯一個shell file (如test.sh, 檔名可自取), 內容如后:
         #!/bin/sh
         #PBS -l walltime=9999:00:00
         cd $PBS_O_WORKDIR
         /opt/R-2.1.1/bin/R CMD BATCH test.R
       • Submit Job, 指令如后:
         qsub -l nodes=1 test.sh
         執行後, 螢幕會立即顯示訊息 XXX.node00.cluster (XXX 為Job number ID)
       • 程式執行完畢後, Screen Output 會存成 test.Rout, 存放於目前的目錄
    5. Example for Maple batch job:
       • 編輯Maple的Batch檔(如maple.in, 檔名可自取)
       • 請於Server上編輯一個shell file (如test.sh, 檔名可自取), 內容如后:
         #!/bin/sh
         #PBS -l walltime=9999:00:00
         cd $PBS_O_WORKDIR
         /opt/maple9/bin/maple < maple.in > maple.out
       • Submit Job, 指令如后:
         qsub -l nodes=1 test.sh
         執行後, 螢幕會立即顯示訊息 XXX.node00.cluster (XXX 為Job number ID)
       • 程式執行完畢後, Screen Output 會存成 maple.out, 存放於目前的目錄
    6. Example for Matlab batch job:
       • 編輯Matlab的Batch檔(如poly.m, 檔名可自取)
       • 請於Server上編輯一個shell file (如test.sh, 檔名可自取), 內容如后:
         #!/bin/sh
         #PBS -l walltime=9999:00:00
         cd $PBS_O_WORKDIR
         /opt/matlabr14sp1/bin/matlab < poly.m > poly.out
       • Submit Job, 指令如后:
         qsub -l nodes=1 test.sh
         執行後, 螢幕會立即顯示訊息 XXX.node00.cluster (XXX 為Job number ID)
       • 程式執行完畢後, Screen Output 會存成 poly.out, 存放於目前的目錄
    7. Example for Python batch job:
       • 編輯Python的Batch檔(如gc.py, 檔名可自取)
       • 請於Server上編輯一個shell file (如python.sh, 檔名可自取), 內容如后:
         #!/bin/sh
         #PBS -l walltime=9999:00:00
         cd $PBS_O_WORKDIR
         /opt/Python-2.3.4/python gc.py
       • Submit Job, 指令如后:
         qsub -l nodes=1 python.sh
         執行後, 螢幕會立即顯示訊息 XXX.node00.cluster (XXX 為Job number ID)
       • 程式執行完畢後, Screen Output 會存成 python.sh.oXXX (XXX 為Job number ID), 存放於目前的目錄
12. 程式執行完畢後, 錯誤訊息會存成 test.sh.eXXX (XXX 為Job number ID), 存放於目前的目錄
13. 可利用指令qstat -ans, 查看Job執行狀態
14. 可利用指令qdel XXX (XXX 為Job number ID), 刪除Job