計算中心 PC Fram 使用說明

1. 系統環境: Linux Red Hat 7.3
2. 硬體環境:
   • Front-end Server: CPU AMD K-7 1.2 GHz RAM 512MB (3 nodes)
   • Batch Computing Cluster: CPU P4 1.8 GHz RAM 1024MB (80 nodes)
   • Parallel Computing Cluster: CPU P4 2.4 GHz RAM 1024MB (64 nodes)
   • Package Computing Cluster: CPU P4 2.4 GHz RAM 1024MB (14 nodes)
3. Front-end Server Address: pcfc1.sinica.edu.tw
4. 登入帳號: 請下載及填妥申請表後, 向計算中心申請帳號
5. 連線方式: Putty 或由本所工作站 ssh, telnet (如欲安裝Putty, 請至其網頁)
6. 程式語言Compiler: PGI C/C++/F77/F90, Intel C++/F77, Absoft Fortran, GNU C/C++/F77/Java and HPF
7. 軟體: R, Mathematica, Maple and Matlab
8. Library: NAG adn IMSL
9. 系統資源限制: 每一個帳號最多同時可使用4個 Batch Jobs 及2個 Parallel Jobs (每一個Parallel Job 最多使用 8 nodes)
10. Job 處理原則:當user submit job以後, 系統會由computing nodes中, 自動選擇一個free的computing node, dedicated to user's job. 如果目前沒有free的computing node, user's job將會排隊等候!
11. Job 處理程序:
    1. Example for Frotran programs:
       • 將Fortran程式Compile成執行檔(如testpgm, 檔名可自取), 指令如后:
         pgf77 -o testpgm testpgm.f (for Fortran 77 program)
         pgf90 -o testpgm testpgm.f90 (for Fortran 90 program)
       • 編輯一個shell file (如test.sh, 檔名可自取), 內容如后:
         #!/bin/sh
         #PBS -l walltime=99:00:00
         cd $PBS_O_WORKDIR
         ./testpgm
       • Submit Job, 指令如后:
         qsub -l nodes=1 test.sh
         執行後, 螢幕會立即顯示訊息 XXXXX.pcf00YYY.pcf.sinica.edu.tw (XXXXX 為Job number ID)
       • 程式執行完畢後, Screen Output 會存成 test.sh.oXXXXX (XXXXX 為Job number ID), 存放於目前的目錄
    2. Example for R batch job:
       • 編輯R的Batch檔(如test.R, 檔名可自取)
       • 編輯一個shell file (如test.sh, 檔名可自取), 內容如后:
         #!/bin/sh
         #PBS -l walltime=99:00:00
         cd $PBS_O_WORKDIR
         /prj/R/1.7.1/00/bin/R CMD BATCH test.R
       • Submit Job, 指令如后:
         qsub -l nodes=1 test.sh
         執行後, 螢幕會立即顯示訊息 XXXXX.pcf00YYY.pcf.sinica.edu.tw (XXXXX 為Job number ID)
       • 程式執行完畢後, Screen Output 會存成 test.Rout, 存放於目前的目錄
    3. Example for MPI Fortran parallel job:
       • 將MPI Fortran程式Compile成執行檔(如mpi_sample, 檔名可自取), 指令如后:
         mpif77 -o mpi_sample mpi_sample.f (for Fortran 77 program)
         mpif90 -o mpi_sample mpi_sample.f90 (for Fortran 90 program)
       • 編輯一個shell file (如test.sh, 檔名可自取), 內容如后:
         #PBS -S /bin/sh
         #PBS -l nodes=8
         cd $PBS_O_WORKDIR
         MPICHHOME=/prj/mpich/1.2.5/00/
         NPROCS=`wc -l < $PBS_NODEFILE`
         $MPICHHOME/bin/mpirun -machinefile $PBS_NODEFILE -np $NPROCS mpi_sample
       • Submit Job, 指令如后:
         qsub -l nodes=1 test.sh
         執行後, 螢幕會立即顯示訊息 XXXXX.pcf00YYY.pcf.sinica.edu.tw (XXXXX 為Job number ID)
       • 程式執行完畢後, Screen Output 會存成 test.sh.oXXXXX (XXXXX 為Job number ID), 存放於目前的目錄
12. 程式執行完畢後, 錯誤訊息會存成 test.sh.eXXXXX (XXXXX 為Job number ID), 存放於目前的目錄
13. 可利用指令qstat -ans, 查看Job執行狀態
14. 可利用指令qdel XXXXX (XXXXX 為Job number ID), 刪除Job
15. 想要獲得更詳細的資訊, 請參考網址: http://www.pcf.sinica.edu.tw